Қазақстан Республикасының бюджет жүйесі мынадай принциптерге негізделеді:
1) бірыңғайлық қағидаты – Қазақстан Республикасында бюджет жүйесін ұйымдастырудың және оның жұмыс істеуінің бірыңғайлық қағидаттарын қолдану, бірыңғай бюджет сыныптамасын, бюджет процесінің бірыңғай рәсімдері мен техникалық шешімдерін пайдалану;
2) толымдылық принципі - бюджетте және Қазақстан Республикасының Ұлттық қорында Қазақстан Республикасының заңнамасында көзделген барлық түсімдер мен шығыстардың көрсетілуі, бюджет қаражаты бойынша талап құқықтарының басқаға берілуі сияқты, бюджет қаражатын пайдалана отырып, өзара талаптарды есепке жатқызуға жол бермеу;
3) реалистік қағидаты – бекітілген (нақтыланған, түзетілген) бюджет көрсеткіштерінің әлеуметтік-экономикалық даму болжамдарының, ұлттық жобалардың, мемлекеттік органдардың даму жоспарларының, облыстың, республикалық маңызы бар қаланың, астананың даму жоспарларының бекітілген (нақтыланған, түзетілген) параметрлеріне, бағыттарына сәйкес келуі;
4) транспаренттілік қағидаты – мемлекеттік немесе заңмен қорғалатын өзге де құпияны құрайтын мәліметтерді қоспағанда, Қазақстан Республикасының бюджет заңнамасы саласындағы нормативтік құқықтық актілерді, бекітілген (нақтыланған, түзетілген) бюджеттерді және олардың атқарылуы туралы есептерді, азаматтық бюджетті, мемлекеттік органдардың даму жоспарлары мен олардың іске асырылуы туралы есептерді, Қазақстан Республикасының Ұлттық қорын қалыптастыру және пайдалану туралы есепті міндетті түрде жариялау, сондай-ақ бюджет процесінің қоғам мен бұқаралық ақпарат құралдары үшін міндетті түрде ашық болуы;
5) дәйектілік принципі - мемлекеттік органдардың бюджеттік қатынастар саласында бұрын қабылданған шешімдерді сақтауы;
6) нәтижелілік қағидаты – ұлттық жобаларды іске асыруға, мемлекеттік органдардың даму жоспарларында, облыстың, республикалық маңызы бар қаланың, астананың даму жоспарларында және (немесе) мемлекеттік органдардың бюджеттік бағдарламаларында көзделген нәтижелердің көрсеткіштеріне қол жеткізуге бағдарланған бюджетті әзірлеу және атқару;
7) бюджеттердің дербестік принципі - түрлі деңгейдегі бюджеттер арасында түсімдердің тұрақты бөлінуін белгілеу және осы Кодекске сәйкес олардың жұмсалу бағыттарын айқындау, осы Кодекске сәйкес мемлекеттік басқарудың барлық деңгейлерінің бюджет процесін дербес жүзеге асыру құқығы, жергілікті бюджеттердің атқарылуы барысында қосымша алынған кірістерді және жергілікті бюджеттер қаражатының қалдықтарын жоғары тұрған бюджетке алып қоюға жол берілмеуі, төменгі бюджеттерге оларды тиісті өтеусіз, қосымша шығыстар жүктеуге жол берілмеуі;
8) сабақтастық принципі - өткен кезеңде бекітілген әлеуметтік-экономикалық даму болжамдарына, базалық шығыстарға, бюджеттік мониторинг қорытындыларына, нәтижелерді бағалауға негізделген республикалық және жергілікті бюджеттерді жоспарлау;
9) негізділік принципі - бюджет жобасына қандай да болсын түсімдерді немесе шығыстарды енгізу қажеттігін және олардың көлемдерінің негізділігін айқындайтын нормативтік құқықтық актілер және басқа да құжаттар негізінде бюджетті жоспарлау, сондай-ақ бюджет қаражаты мен мемлекет активтерін Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес пайдалану;
10) уақтылылық қағидаты – Қазақстан Республикасының тиісті нормативтік құқықтық актілерінде айқындалған тәртіпті сақтай отырып, өз мерзімінде республикалық және жергілікті бюджеттерге, Қазақстан Республикасы Ұлттық қорының қолма-қол ақшаны бақылау шотына түсетін түсімдерді есепке жатқызу және оларды Үкіметтің Қазақстан Республикасының Ұлттық Банкіндегі шоттарына, Жәбірленушілерге өтемақы қорына, Білім беру инфрақұрылымын қолдау қорына, Арнаулы мемлекеттік қорға аудару, Еуразиялық экономикалық одаққа мүше мемлекеттердің бюджеттеріне түсетін түсімдерді есепке жатқызу және бөлу, міндеттемелер бойынша қаржыландырудың жеке жоспарларына сәйкес мемлекеттік мекемелердің міндеттемелер қабылдауы, төлемдер бойынша қаржыландырудың жеке жоспарларына сәйкес төлемдер жүргізу және бюджет қаражатын алушылардың шоттарына бюджет қаражатын аудару;
11) кассаның бірыңғайлық принципі - бюджетке барлық түсімдерді бірыңғай қазынашылық шотқа есептеу және бірыңғай қазынашылық шоттан барлық көзделген шығыстарды ұлттық валютамен жүзеге асыру;
12) тиімділік қағидаты – бюджет қаражатының бекітілген көлемін пайдалана отырып, ең үздік тікелей және түпкілікті нәтижеге қол жеткізу немесе бюджет қаражатының аз көлемін пайдаланып, тікелей және түпкілікті нәтижеге қол жеткізу қажеттігін негізге ала отырып, бюджетті әзірлеу және атқару;
13) жауапкершілік принципі - тікелей және түпкілікті нәтижелерге қол жеткізуге және бюджеттік бағдарламалар әкімшілері мен мемлекеттік мекемелер басшыларының және квазимемлекеттік сектор субъектілерінің Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес келмейтін шешімдер қабылдағаны үшін жауапкершілігін қамтамасыз етуге бағытталған қажетті әкімшілік және басқару шешімдерінің қабылдануы;
14) бюджет қаражатының атаулылығы мен нысаналы сипатының қағидаты – бюджеттік бағдарламалар әкімшілерінің, квазимемлекеттік сектор субъектілерінің Қазақстан Республикасының заңнамасын сақтай отырып, квазимемлекеттік сектор субъектілерінің жарғылық капиталына қатысу арқылы бюджет қаражатын ұлттық жобаларды іске асыруға, мемлекеттік органдардың даму жоспарларында, облыстың, республикалық маңызы бар қаланың, астананың даму жоспарларында және (немесе) мемлекеттік органдардың бюджеттік бағдарламаларында, бюджеттік инвестициялардың қаржылық-экономикалық негіздемелерінде көзделген нәтижелердің көрсеткіштеріне қол жеткізуге бағыттауы және пайдалануы.