Ведомстволық бюджеттік комиссиялардың құзыретіне мыналар кіреді:
- 1) мемлекеттік органның даму жоспарының жобасы немесе мемлекеттік органның даму жоспарына өзгерістер мен толықтырулардың жобасы, бюджеттік бағдарламалардың жобалары бойынша ұсыныстарды тұжырымдау;
- 2) республикалық бюджеттік бағдарламалар әкімшісінің бюджеттік өтінімі және оған есеп-қисаптар бойынша ұсыныстар әзірлеу;
- 3) бюджеттік мониторинг нәтижелерін, нәтижелерге жүргізілген бағалауды қарау және олар бойынша ұсыныстар әзірлеу;
- 4) осы Кодексте, сондай-ақ ведомстволық бюджеттік комиссиялар туралы ережелерде көзделген өзге де өкілеттіктер.