Бюджеттік бағдарламалардың әкімшісі бюджеттік бағдарламаларды жоспарлауға, негіздеуге, іске асыруға және нәтижелерге қол жеткізуге жауапты мемлекеттік орган болып табылады.Бюджеттік бағдарламалардың әкімшісі өзіне жүктелген функциялар мен өкілеттіктерге сәйкес айқындалады.
Бюджеттік бағдарламалардың бір әкімшісінің құзыретіне жатқызуға болмайтын, экономиканың әртүрлі салаларындағы жобаларды іске асыруды көздейтін, ұлттық холдингтер мен ұлттық басқарушы холдингтің жарғылық капиталына мемлекеттің қатысуы арқылы бюджеттік инвестицияларды жүзеге асыру жоспарланған бюджеттік бағдарламалар бойынша мемлекеттік жоспарлау жөніндегі орталық уәкілетті орган әкімші болады.