Бюджетаралық қатынастар мынадай принциптерге негізделеді:
тұрақты сипаттағы, сыртқы факторлардың әсеріне тәуелсіз салықтық және салықтық емес түсімдер төмен тұрған бюджеттерге бекітіледі;
мемлекеттік мекемелер көрсеткен қызметтер ақысы болып табылатын салық түсімдері және салықтық емес түсімдер аталған көрсетілетін қызметтер қаржыландырылатын бюджет кірісіне түседі;
қайта бөліну сипатындағы, сондай-ақ салық базасы әркелкі орналастырылған салықтар бюджет жүйесінің неғұрлым жоғары тұрған бюджеттер деңгейлеріне бекітіледі;
салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдерді бюджетке бекіткен кезде оларды жинаудың неғұрлым жоғары дәрежесін қамтамасыз ететін бюджет деңгейіне артықшылық беріледі;
нақты аумақтық байланыстылығы бар салықтық базадан алынатын салықтар жергілікті бюджеттерге бекітіледі;
1) облыстық бюджеттердің, республикалық маңызы бар қалалар, астана бюджеттерінің – республикалық бюджетпен өзара қатынастардағы, аудандық (облыстық маңызы бар қалалар) бюджеттердің – жоғары тұрған облыстық бюджетпен өзара қатынастардағы, аудандық маңызы бар қалалар, ауылдар, кенттер, ауылдық округтер бюджеттерінің жоғары тұрған аудандық (облыстық маңызы бар қала) бюджетпен өзара қатынастардағы теңдігі;
2) аражігін ажыратудың мынадай өлшемдерінің бір мезгілде сақталуын ескеретін түсімдерді тиімді бөлу:
3) Қазақстан Республикасының әкімшілік-аумақтық бірліктерінің бюджеттік қамтамасыз етілу деңгейлерін теңестіру;
4) жергілікті атқарушы органдардың мемлекеттік қызметтер көрсетудің бірдей деңгейін ұсынуын қамтамасыз ету;
5) мемлекеттік қызметтер көрсетуді ұсынудың тиімділігі мен нәтижелілігі - мемлекеттік қызметтер көрсетуді неғұрлым тиімді әрі нәтижелі қамтамасыз ете алатын мемлекеттік басқару деңгейіне мемлекеттік қызметтер көрсетуді бекіту;
6) мемлекеттік қызметтер көрсетуді ұсыну деңгейін оны алушыларға барынша жақындату - алушылардың қажеттерін барынша дәл есепке алу және мемлекеттік қызметтер көрсетудің сапасын арттыру мақсатында қызметтер көрсетудің атқарылуын бюджет жүйесінің мүмкіндігінше төмен деңгейіне беру.