Мыналар кеден органының міндеттері болып табылады:
- 1) Қазақстан Республикасының ұлттық қауіпсіздігін, адамның өмірі мен денсаулығын, жануарлар мен өсімдіктер дүниесін, қоршаған ортаны қорғау;
- 2) өз құзыреті шегінде Қазақстан Республикасының егемендігін қорғауды және экономикалық қауіпсіздігін қамтамасыз ету;
- 3) тауарлардың Еуразиялық экономикалық одақтың кедендік шекарасы арқылы өткізілуін жеделдету мен жеңілдетуге жағдайлар жасау;
- 4) сақталуын бақылау кеден органдарына жүктелген Қазақстан Республикасының кеден және өзге заңнамасының (бұдан әрі – Қазақстан Республикасының кеден және өзге заңнамасы), Еуразиялық экономикалық одақтың кеден заңнамасының орындалуын қамтамасыз ету;
- 5) осы Кодексте көзделген өзге де міндеттерді орындау.