Осы баптың 3-тармағында көрсетілген мән-жайлар басталған кезде кедендік әкету баждары, егер кедендік транзиттің кедендік рәсімімен орналастырылған Еуразиялық экономикалық одақтың тауарлары кедендік әкету баждарын төлеу бойынша жеңілдіктерді қолданбай экспорттың кедендік рәсімімен орналастырылатындай болса, төленуге жатады.Кедендік әкету баждарын есептеу үшін кеден органы транзиттік декларацияны тіркеген күнге қолданыста болатын кедендік әкету баждарының мөлшерлемелері қолданылады.
Егер кеден органында Еуразиялық экономикалық одақтың тауарлары туралы (сипаты, атауы, саны, шығарылған жері және (немесе) кедендік құны) нақты мәліметтер болмаған жағдайда, төленуге жататын кедендік әкету баждарын есептеуге арналған база кеден органында бар мәліметтер негізінде айқындалады, ал Еуразиялық экономикалық одақтың тауарларын сыныптау осы Кодекстің 40-бабының 3-тармағы ескеріле отырып жүзеге асырылады.
Егер Сыртқы экономикалық қызметтің тауар номенклатурасына сәйкес тауарлардың кодтары таңба саны оннан аз топтау деңгейінде айқындалған жағдайда, кедендік әкету баждарын есептеу үшін осындай топтауға кіретін тауарларға сәйкес келетін кедендік әкету баждары мөлшерлемелерінің ең жоғарысы қолданылады.
Кейіннен Еуразиялық экономикалық одақтың тауарлары туралы нақты мәліметтерді анықтау кезінде кедендік әкету баждары осындай нақты мәліметтерді негізге ала отырып есептелінеді және кедендік әкету баждарының артық төленген және (немесе) артық өндіріп алынған сомаларын есепке жатқызу (қайтару) осы Кодекстің 11-тарауына және 141-бабына сәйкес жүзеге асырылады не осы Кодекстің 86 және 137-баптарына сәйкес іс-қимылдар, осы Кодекстің 12-тарауына және 142-бабына сәйкес төленбеген сомаларды өндіріп алу жүзеге асырылады.