Ұлттық гидрометеорологиялық қызмет азаматтық қорғаудың мемлекеттік жүйесінің құрамына кіреді және төтенше жағдайлар туындаған кезде өз қызметін Қазақстан Республикасының азаматтық қорғау туралы заңнамасына сәйкес жүзеге асырады.