Экологиялық сараптама жүргізу осы Кодекстің 5-бабында баяндалған жалпы қағидаттарға қосымша мынадай арнайы қағидаттарға негізделеді:
1) тәуелсіз болу қағидаты: сарапшылар экологиялық сараптаманы жүргізу кезінде өз бағалауы мен тұжырым жасауында еркін болады, Қазақстан Республикасының экология заңнамасын, фактілерді, оларды негіздеудің ғылыми қағидаттарын басшылыққа алады;
2) ғылыми негізділік пен объективтілік қағидаты: экологиялық сараптаманың тұжырымдары аргументтелуге, Қазақстан Республикасы заңнамасының талаптарына, ғылыми білімдер мен ғылыми-техникалық жетістіктердің қазіргі заманғы даму деңгейіне сәйкес келуге және сарапшылардың бейтарап әрі объективті пікіріне негізделуге тиіс.