Қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті орган кешенді экологиялық рұқсат алуға арналған өтініш тіркелген күннен бастап бес жұмыс күні ішінде оны толық және жиынтықты болуы тұрғысынан тексереді. Өтініш көрсетілген мерзім ішінде қарауға қабылданады не құжаттар топтамасы және (немесе) мәліметтер толық ұсынылмаған жағдайда мұндай өтініштің қайтарылу себептері көрсетіле отырып, қабылданбайды.Кешенді экологиялық рұқсат алуға арналған өтініште барлық талап етілетін мәліметтер мен қоса берілетін құжаттар болған кезде қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті орган осы Кодекстің 88-бабы 1-тармағының 1) тармақшасына сәйкес I санаттағы объектілерді салу және (немесе) пайдалану жөніндегі жобалау құжаттамасына мемлекеттік экологиялық сараптама жүргізеді және осы тармақтың бірінші бөлігінде көрсетілген мерзім ішінде қарауға қабылданған өтінішті оған қоса берілетін құжаттармен бірге өзінің құрылымдық бөлімшелеріне, сондай-ақ кешенді экологиялық рұқсатқа енгізілуге жататын міндетті экологиялық шарттарға қатысты өз құзыреттері шеңберінде ескертулері мен ұсыныстарын алу үшін мынадай мүдделі мемлекеттік органдарға:
Егер объект екі немесе одан көп облыстың, республикалық маңызы бар қалалардың, астананың аумақтары шегінде орналасса немесе орналасатын болса, қоса берілетін құжаттары бар өтініш әрбір тиісті жергілікті атқарушы органға жіберілуге жатады;
- 1) халықтың санитариялық-эпидемиологиялық саламаттылығы саласындағы мемлекеттік органға;
- 2) объект жататын тиісті салада реттеуді жүзеге асыратын уәкілетті органға;
- 3) құзыретіне объектіні салу мен пайдалану жөніндегі қызметті жүзеге асыруға қажетті рұқсаттарды беру кіретін өзге де уәкілетті мемлекеттік органдарға;
- 4) аумағында объект орналасқан немесе орналасатын облыстың, республикалық маңызы бар қалалардың, астананың жергілікті атқарушы органына жібереді.
- 5) егер мұндай қызметке рұқсат беру туралы шешімдер қабылдау бойынша трансшекаралық рәсімдер жүргізу қажеттігі Қазақстан Республикасының халықаралық шарттарында көзделсе немесе қоршаған ортаға әсерді бағалау нәтижелері бойынша қорытындыда белгіленсе, Қазақстан Республикасы Сыртқы істер министрлігінің жәрдемімен – объектіні салу және (немесе) пайдалану қоршаған ортасының жай-күйіне елеулі қолайсыз әсер етуі мүмкін мемлекетке жібереді.