Кешенді экологиялық рұқсат беруге арналған өтініш және (немесе) оған қоса берілетін құжаттар бойынша мемлекеттік экологиялық сараптама жүргізу кезеңінде ескертулер болған кезде қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті орган өтініш берушіге осындай ескертулерді өтініш қарауға қабылданғаннан кейін жиырма бес жұмыс күні ішінде жібереді.Өтініш беруші жіберілген ескертулерді ескертулер жіберілген күннен бастап он жұмыс күні ішінде жоюға тиіс. Ескертулер көрсетілген мерзімде жойылмаған жағдайда, өтініш берушіге кешенді экологиялық рұқсат беруден уәжді бас тарту беріледі.
Өтініш беруші барлық ескертулерді жойғаннан және мүдделі мемлекеттік органдардан қорытындылар алғаннан кейін он жұмыс күні ішінде қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті орган алынған ескертулер мен ұсыныстарды, сондай-ақ өтініш берушінің ұстанымын ескеріп, ішкі және (немесе) сыртқы сарапшыларды тарта отырып, кешенді экологиялық рұқсаттың жобасын дайындайды және мұндай жобаны өтініш берушіге жібереді. Өтініш беруші ұсынылған кешенді экологиялық рұқсаттың жобасы бойынша өз ұстанымын бес жұмыс күні ішінде ұсынады.
Өтініш беруші кешенді экологиялық рұқсаттың жобасын мақұлдаған жағдайда өтініш берушінің ұстанымын алған күннен бастап бес жұмыс күні ішінде кешенді экологиялық рұқсат беріледі.
Кешенді экологиялық рұқсаттың жобасына енгізілген шарттар бойынша туындайтын келіспеушіліктерді сараптама комиссиясы осы Кодекстің 74-бабында көзделген тәртіппен шешеді.