Қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті орган кешенді экологиялық рұқсатты беруден мынадай:
- 1) өтініш беруші кешенді экологиялық рұқсат алу үшін ұсынған құжаттардың және (немесе) оларда қамтылған мәліметтердің анық емес екені анықталған;
- 2) өтініш беруші кешенді экологиялық рұқсат алу үшін ұсынған құжаттар және (немесе) оларда қамтылған мәліметтер Қазақстан Республикасы экология заңнамасының талаптарына және (немесе) қоршаған ортаға әсерді бағалау нәтижелері бойынша қорытындыға не қоршаған ортаға әсер етуге міндетті бағалау жүргізудің қажеттілігі жоқтығы туралы тұжырымды қамтитын белгіленіп отырған қызметтің әсер ету скринингінің нәтижелері туралы қорытындыға сәйкес келмеген;
- 3) өтініш беруші осы Кодекстің 115-бабында көзделген тәртіппен қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті орган айқындаған кешенді экологиялық рұқсаттың шарттарымен келіспеген жағдайларда бас тартады.