Инновациялық даму саласындағы ұлттық даму институты инновациялық қызметті мемлекеттік қолдау саласындағы уәкілетті орган мен инновациялық даму саласындағы ұлттық даму институты арасында жасалатын шарт негізінде инновациялық гранттар беруге бөлінген қаражатты басқаруды жүзеге асыру үшін Қазақстан Республикасының резиденті екінші деңгейдегі банкте ағымдағы шот ашады.Қаржы жылының соңына есептелетін ағымдағы шоттағы қаражат қалдықтары инновациялық қызметті мемлекеттік қолдау саласындағы уәкілетті органға және тиісінше мемлекеттік бюджетке қайтарылуға жатпайды, келесі қаржы жылында инновациялық гранттар беруге жұмсалады. Инновациялық гранттар беруге арналған ақшаның жалпы көлемі барлық инновациялық гранттар арасында бөлінеді.