Денсаулық сақтау саласындағы халықаралық ынтымақтастықтың басымдықтары:
1) денсаулық сақтау саласындағы Қазақстан Республикасы азаматтарының мүдделерін және Қазақстан Республикасының мүдделерін қорғау;
2) денсаулық сақтау саласындағы халықаралық бастамаларға қатысу;
3) мемлекетаралық деңгейде денсаулық сақтау саласында инвестициялар тарту және техникалық көмек көрсету;
4) шетелдіктерге, азаматтығы жоқ адамдарға медициналық көмек көрсету;
5) халықаралық инновациялық технологияларды ендіру және денсаулық сақтау жүйесін жаңғырту арқылы медициналық көмек көрсету деңгейін арттыру;
6) әлемдік медицина және фармацевтика ғылымына интеграциялану;
7) еңбекші көшіп-қонушыларды медициналық көмекпен қамтамасыз ету мәселелерін шешуге жәрдемдесу;
8) денсаулық сақтау саласындағы білім беру қызметі, ғылым мен практиканың қазіргі заманғы жетістіктері негізінде медицина кадрларын даярлау және олардың біліктілігін арттыру мәселелері бойынша мемлекетаралық өзара іс-қимыл;
9) төтенше ахуалдар туындаған кезде денсаулық сақтау саласында халықаралық көмек көрсету және алу;
10) шет мемлекеттермен және халықаралық ұйымдармен дәрілік заттардың, медициналық бұйымдардың айналысы саласында ақпарат, технологиялар алмасу және фармацевтикалық және медициналық өнімнің қауіпсіздігі мен сапасына қойылатын талаптарды үндестіру;
11) халықаралық медициналық-санитариялық қағидалардың талаптарына сәйкес шекараны санитариялық қорғау, әкелінетін өнімнің қауіпсіздігін қамтамасыз ету болып табылады.