Санитариялық-эпидемиологиялық мониторингті жүргізу кезең-кезеңмен жүзеге асырылады және ол:
- 1) зерттеудің зертханалық және аспаптық әдістері қолданыла отырып, мемлекеттік санитариялық-эпидемиологиялық бақылауға және қадағалауға жататын объектілерге жүргізілген санитариялық-эпидемиологиялық зерттеп-қарау нәтижелері бойынша халық денсаулығы мен адамның мекендеу ортасының жай-күйі туралы деректерді (цифрлық, талдамалық) жинауды, өңдеуді, жүйелеуді;
- 2) санитариялық-эпидемиологиялық бақылау және қадағалау өнімдері мен объектілерін зертханалық және аспаптық зерттеу нәтижелері негізінде адам денсаулығының жай-күйі мен мекендеу ортасы арасындағы себеп-салдарлық байланыстарды, халықтың санитариялық-эпидемиологиялық саламаттылығының өзгеру себептері мен жағдайларын талдауды және анықтауды;
- 3) санитариялық-эпидемиологиялық мониторинг жүйесіндегі зертханалық бақылауды оңтайландыру үшін мекендеу ортасы факторларын сәйкестендіруді және денсаулықтың бұзылуының жетекші көрсеткіштерін іріктеуді;
- 4) инфекциялық және жаппай инфекциялық емес аурулар (уланулар) анықталған жағдайда олардың туындау және таралу себептері мен жағдайларын белгілеуді;
- 5) халықтың санитариялық-эпидемиологиялық саламаттылығын қамтамасыз ету мақсатында санитариялық-эпидемиологиялық мониторинг жүргізу жөніндегі ведомствоаралық өзара іс-қимылды;
- 6) адамның мекендеу ортасының өзгеруіне байланысты халық денсаулығы жай-күйінің өзгеруін бағалауды және болжауды;
- 7) зиянды факторлардың халық денсаулығына әсерінің алдын алу және жою жөніндегі кезек күттірмейтін және ұзақ мерзімді іс-шараларды айқындауды;
- 8) ауданның, қаланың, облыстың және республиканың санитариялық-эпидемиологиялық мониторингінің ақпараттық-талдау жүйелерін, желілерін, бағдарламалық материалдарын және дерекқорын жасауды және санитариялық-эпидемиологиялық мониторинг деректерін сақтауды қамтиды.