Медициналық ұйымдарды аккредиттеу медициналық ұйымның қаражаты есебінен жүргізіледі және медициналық ұйымдарды материалдық және материалдық емес ынталандыру құралы болып табылады.Медициналық ұйымдарды аккредиттеу уәкілетті орган бекітетін аккредиттеу стандарттарына сәйкестігін сыртқы кешенді бағалау негізінде жүргізіледі және жоғары колледждер мен жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі медициналық білім беру ұйымдарында клиникалық мамандықтар бойынша денсаулық сақтау саласында кадрлар даярлауға және олардың біліктілігін арттыруға мемлекеттік тапсырысты бөлу кезінде, тегін медициналық көмектің кепілдік берілген көлемін және (немесе) міндетті әлеуметтік медициналық сақтандыру жүйесінде медициналық көмекті көрсетуге арналған медициналық көрсетілетін қызметтердің көлемдерін орналастыру кезінде ескеріледі.