Санитариялық-эпидемиологиялық мониторинг халықтың денсаулығы мен мекендеу ортасының жай-күйін байқаудың, оларды талдаудың, бағалау мен болжаудың, сондай-ақ халықтың денсаулық жағдайы мен мекендеу ортасы факторларының әсер етуі арасындағы себеп-салдарлық байланыстарды айқындаудың мемлекеттік жүйесі болып табылады.Талдау, бағалау мен болжау – инфекциялық, инфекциялық емес және паразиттік ауруларды қоздырғыштардың немесе таратушылардың ену және таралу ықтималдығын, сондай-ақ қоршаған орта факторларының халықтың денсаулық жағлайына жағымсыз әсерін және осыған байланысты ықтимал медициналық-биологиялық және экономикалық салдарларды негіздеп бағалау.
Санитариялық-эпидемиологиялық мониторинг шеңберінде табиғи орта құрамдастарындағы (су, топырақ, атмосфералық ауа) сынамаларды іріктеу тоқсанына кемінде бір рет жүргізіледі.