Жер қойнауын мемлекеттік геологиялық зерттеуді ұйымдастыру мен жүргізуді геология саласындағы ұлттық оператор жер қойнауын зерттеу жөніндегі уәкілетті орган айқындайтын тәртіппен жүзеге асырады.Жер қойнауын мемлекеттік геологиялық зерттеуді пайдалы қазбаларды барлау жөніндегі операциялар жүргізілетін аумақтарда пайдалы қазбалардың болжалды (болжамды) ресурстарын анықтау тұрғысынан жоспарлау мен жүргізуге тыйым салынады.
Жерасты суларына арналған жер қойнауын мемлекеттік геологиялық зерттеуді ұйымдастыру мен жүргізуді жер қойнауын зерттеу жөніндегі уәкілетті орган су қорын қорғау және пайдалану саласындағы уәкілетті органмен бірлесіп айқындайтын тәртіппен геология саласындағы ұлттық оператор жүзеге асырады.