Осы баптың 3-тармағының 1) тармақшасында көзделген бұзушылық жасалған жағдайда, бұзушылық орын алғанға дейінгі жағдайды қалпына келтіру арқылы, ал қалпына келтіру мүмкін болмаған кезде құзыретті органның рұқсатымен жер қойнауын пайдалану құқығымен байланысты объектілерді ауыстыру бойынша өзге де әрекеттерді жасау арқылы осы бұзушылық бір жылдан аспайтын мерзімде жойылуға жатады.Осы баптың 3-тармағының 2) тармақшасында көзделген бұзушылық жасалған жағдайда, жер қойнауын пайдаланушы құзыретті органнан хабарлама алған күннен бастап үш ай ішінде бұзушылықты жоюға міндетті.
Жер қойнауын пайдаланушы осы тармақта көзделген мерзімдерде құзыретті органды бұзушылықтардың жойылғаны туралы осындай жоюды растайтын құжаттарды қоса бере отырып, жазбаша хабардар етеді.
Белгіленген мерзімде бұзушылық жойылмаған жағдайда, құзыретті орган осы баптың 6-тармағына сәйкес лицензияны қайтарып алады.