Ерекше мемлекеттiк маңызы бар су объектiлерiн қорғаудың ерекшелiктерi мыналар болып табылады:
1) аймаққа бөлу және жеке аймақтар бойынша су және экологиялық нормативтер белгiлеу;
2) су объектiлерiне және олардың экологиялық жүйесiне антропогендiк жүктеме нормалау;
3) аймақтың су объектiлерiн пайдалану ережелерiн белгiлеу кезiнде олардың ерекшелiктерiн облыстың (республикалық маңызы бар қаланың, астананың) жергiлiктi атқарушы органдарының есепке алуы;
4) өндiрiс қалдықтарын кәдеге жарату кезiнде кешендiлiктi қамтамасыз ету;
5) су объектiсi бассейнiнiң аумағын су және жел эрозияларынан, шөлейттенуден, батпақтанудан, қайталама сортаңданудан, өндiрiс және тұтыну қалдықтарымен және басқа да заттармен ластанудан қорғау;
6) бұзылған cy объектiлерiн және cy қорының жерлерiн қайта өңдеу;
7) су объектiлерiнiң арналары бойынша табиғат қорғау және санитарлық-эпидемиологиялық су берудiң шаруашылық су беру алдындағы басымдығы.