Трансшекаралық суларды пайдалану және қорғау саласындағы халықаралық ынтымақтастықтың негiзгi бағыттары:
1) Қазақстан Республикасының халықаралық шарттар жасасу негiзiнде трансшекаралық суларды пайдалану және қорғау саласындағы мүдделерiн қорғау;
2) Қазақстан Республикасы бекiткен халықаралық шарттар бойынша Қазақстан Республикасының мiндеттемелерiн орындау;
3) шекаралас елдердiң трансшекаралық сулар бойынша мемлекетаралық қатынастары бөлiгiнде су заңдарын үйлестiру мен жақындастыруға қатысу;
4) трансшекаралық суларды пайдалану және қорғау саласындағы ғылыми-техникалық ынтымақтастық, нормаларды, стандарттарды, жобаларды және мониторингтi бiрлесiп әзiрлеу және iске асыру болып табылады.