Трансшекаралық суларды пайдалану және қорғау саласындағы мемлекетаралық ынтымақтастықтың тетiгi:
1) трансшекаралық әсер ететiн немесе әсер етуi мүмкiн қызметтi жүзеге acыру кезiнде трансшекаралық суларды олардың трансшекаралық сипатын ескере отырып, ақылға қонымды және әдiл түрде пайдалануды қамтамасыз етудi;
2) трансшекаралық суларды экологиялық жағынан негiзделген түрде және ұтымды басқару, қоршаған ортаны сақтау және қорғау негiзiнде пайдалануды;
3) ластауды қоршаған ортаның басқа құрамдас бөлiктерiне ауысуға әкелмеуге тиiс болатын трансшекаралық суларды ластауды тыю, оны болғызбау, шектеу және қысқарту жөнiндегi шараларды;
4) трансшекаралық әсер етуден бұзылған экологиялық жүйелердi сақтауды және, қажет болған жағдайда, қалпына келтiрудi;
5) ағынды суларды ағызудың шектi нормаларын белгiлеудi, су пайдаланудың қазiргi заманғы техникалық жетiстiктерiне және экономикалық ықтимал жағдайларына сәйкес келетiн су сақтаудың қатаң нормаларына бағдарлауды;
6) трансшекаралық сулар мен су объектiлерiнiң мониторингi бағдарламаларын әзiрлеу мен келiсудi және оларды iске асыруға қатысуды;
7) трансшекаралық суларды басқаруға, реттеуге және қорғауға қаржылық және техникалық жағынан бiрлесiп қатысуды;
8) трансшекаралық өзендердiң бассейндерiндегi су шаруашылығы ахуалы туралы ақпарат алмасуды, төтенше су жағдайлары кезiнде шұғыл хабардар етудi және өзара көмек көрсетудi;
9) нормативтiк-құқықтық базаны бiрегейлендiру, трансшекаралық суларды және оларға байланысты экологиялық жүйелердi қорғау мен қалпына келтiрудiң бiрлескен бағдарламалары мониторингiнiң, оларды әзiрлеудiң және iске асырудың бiрыңғай жүйелерiн құру саласында шекаралас елдермен ынтымақтастықты, осы мақсаттар үшiн халықаралық ұйымдардың қаражатын тартуды;
10) трансшекаралық сулар мен су шаруашылығы құрылыстарын бiрлесiп пайдалану жөнiнде iс-шаралар әзiрлеудi, келiсудi және жүзеге асыруды;
11) Қазақстан Республикасы бекiткен трансшекаралық суларды пайдалану және қopғaу саласындағы мемлекетаралық және үкіметаралық келiсiмдердi бiрлесiп iске асыру үшiн қажет болған жағдайда трансшекаралық суларды басқару жөнiндегi мемлекетаралық орган құруды;
12) трансшекаралық суларды пайдалану және қорғау жөнiнде аймақтық және ұлттық деректер базасын құруды;
13) су проблемаларын шешу жөнiнде бiрлескен ғылыми-техникалық зерттеулер жүргiзудi;
14) трансшекаралық суларды ұтымды пайдалануға және қорғауға байланысты өзге де қызметтi көздейдi.