Тиiстi бассейндік инспекцияның басшысы басқаратын бассейндiк кеңес облыстардың (республикалық маңызы бар қалалардың, астананың) жергiлiктi өкiлдi және атқарушы органдарының басшыларынан, мемлекеттiк органдардың аумақтық органдарының басшыларынан және су пайдаланушылардың өкiлдерiнен тұрады. Бассейндiк кеңестiң құрамына қоғамдық бiрлестiктердiң және олардың қауымдастықтарының өкiлдерi де кiруi мүмкiн. Бассейндiк кеңестiң жұмысын ұйымдастыру бассейндік инспекцияға жүктеледi.