Тараптар құратын Өкілетті кеңес Университетті басқару бойынша шешім қабылдайтын жоғарғы орган болып табылады. 2. Өкілетті кеңестің құрамы тең құқықты бастамамен құрылады, өкілеттілік мерзімі бес жылды құрайтын он мүшеден тұрады. Бес мүшесін Түркия Республикасының Үкіметі, оның ішінде Өкілетті кеңестің төрағасын Түркия Республикасының Президенті тағайындайды. Басқа бес мүшені, оның ішінде Өкілетті кеңес төрағасының орынбасарын Қазақстан Республикасының Үкіметі тағайындайды. 3. Өкілетті кеңестің негізгі қызметтері: а) Университеттің құрылымын, басқаруы мен білім беру қызметін регламенттейтін Жарғысын әзірлеу және бекіту, сондай-ақ оған қажет болған жағдайда өзгерістер мен толықтырулар енгізу; b) университеттің бюджеті мен даму стратегиясын қарастыру және бекіту; с) Тарап мемлекеттерінің аумағында құрылыс жасау, мүлікті сатып алу мен иеліктен айыру, оның ішінде Университеттің жылжымайтын мүлкін тіркеу және есептен алу, сондай-ақ қаржылық және құқықтық мәселелер бойынша шешім қабылдау болып табылады.