Полигон пайдаланатын жер учаскелерінде адамдар, өсімдік және жан-жануарлар өміріне қауіп төндіретін радиоактивті, ұлы заттар, ядролық және химиялық қару-жарақ, басқадай өнімдерді пайдалануға және көмуге тиым салынады. Ресей Федерациясы геологиялық барлауды, пайдалы қазбаларды өңдеуді жүргізбеуге міндеттенеді. Полигон аумағында аң аулау, балық аулау мен жабайы өсімдіктерді жинау тек Қазақстан Республикасы заңдарына сәйкес лицензиялық негізде жүзеге асырылады. Ресей Федерациясы Қазақстан Республикасының экологиялық нормативтерін, су мен жерді пайдалану ережелерін және нормаларын орындауға міндетті. Полигонның қызметі салдарынан келтірілген экологиялық зиян Ресей Федерациясымен жойылады. Осыған орай, зиянның мөлшері мен өтеу формалары Тараптардың арнайы құрылған мемлекетаралық комиссиясымен анықталады.