Полигон аумақтарында орналасқан объектілерді қорғау оларды пайдаланатын әскери құрамалардың күштерімен жүзеге асырылады. Полигон аумағында құқылық тәртіпті қорғау және қылмыспен күресу Полигон басшылығымен өзара әрекеттесе отырып, Қазақстан Республикасының тәртiп сақтау органдарымен жүзеге асырылады.