Уәкiлеттi мемлекеттiк орган мынадай негiзгi функцияларды орындайды: 1) Келiсiм-шарт бойынша әскери қызмет мәселелерi жөнiндегi мемлекеттiк ведомствоаралық комиссияның жұмысына қатысады; 2) Келiсiм-шарт бойынша әскери қызмет туралы Бағдарлама мен Ереженi әзiрлейдi және оларды бекiту үшiн Қазақстан Республикасының Yкiметiне табыс етедi; 3) азаматтарды келiсiм-шарт бойынша әскери қызметке қабылдауға тiкелей басшылықты, әскери қызметтi ұйымдастыру және қамтамасыз ету процестерiн жүзеге асырады; 4) келiсiм-шарт бойынша әскери қызметтi ұйымдастыру мен қамтамасыз ету мәселелерi жөнiндегi өзге де қажеттi өкілеттiктердi жүзеге асырады.