Бағдарламалық-нысаналы қаржыландыру:
- 1) іргелі ғылыми зерттеулер;
- 2) басым қолданбалы ғылыми зерттеулер;
- 3) республиканың ұлттық қауіпсіздігі мен тәуелсіздігіне сай келетін зерттеулердің стратегиялық бағыттары;
- 4) ғылымды, техника мен технологияны дамытудың басым бағыттары бойынша мемлекеттік нысаналы ғылыми-техникалық бағдарламалар;
- 5) халықаралық бағдарламалар шеңберінде зерттеулер жүргізу үшін жүзеге асырылады.
- 6) Мемлекет мемлекеттік ғылыми инфрақұрылымды дамытуды және бірегей ғылыми-техникалық объектілерді сақтауды жүзеге асырады және ғылыми ұйымдар үшін ғылыми жабдықтар сатып алуға Қазақстан Республикасының заңдарына сәйкес субсидия бере алады.