1) өсімдіктерді қорғау саласындағы мемлекеттік саясатты қалыптастыру және іске асыру;
2) өз құзыретi шегiнде өсiмдiктердi қорғау саласындағы нормативтiк құқықтық актiлердi әзiрлеу және бекіту;
3) өсімдіктерді қорғау саласында жергілікті атқарушы органдарды үйлестіруді және оларға әдістемелік басшылық жасауды жүзеге асыру;
4) аса қауiптi зиянды организмдер тiзбесiн әзiрлеу және бекіту;
5) өсімдіктерді қорғау құралдарының (пестицидтердің) қауіпсіздігі туралы техникалық регламентті әзірлеу және бекіту;
5-1) Еуразиялық экономикалық комиссия Алқасының шешімдеріне сәйкес тіркеу (ұсақмөлдекті және өндірістік) сынақтарынан өткізу және (немесе) ғылыми зерттеулерді жүргізу үшін өсімдіктерді қорғаудың тіркелмеген құралдарының (пестицидтердің) үлгілерін әкелуге қорытынды (рұқсат беру құжатын) беру;
5-2) өсімдіктерді қорғау құралдарын (пестицидтерді) импорттауға лицензия беру;
5-3) өсімдіктерді қорғау саласындағы тергеп-тексеру жүргізу тәртібін әзірлеу және бекіту;
6) мынадай:
10) пестицидтерді өндіру (формуляциялау);
11) пестицидтерді өткізу;
12) пестицидтерді аэрозольдық және фумигациялық тәсілдермен қолдану жөніндегі қызметтің кіші түрлеріне қойылатын біліктілік талаптарын әзірлеу және бекіту;
7) қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті органмен және халықтың санитариялық-эпидемиологиялық саламаттылығы саласындағы мемлекеттік органмен келісу бойынша пестицидтерді тіркеу (ұсақмөлдекті және өндірістік) сынақтарынан өткізу және мемлекеттік тіркеу қағидаларын әзірлеу және бекіту;
8) пестицидтерді мемлекеттік тіркеу және пестицидтерге арналған тiркеу куәлiктерiн беру;
9) пестицидтер тiзiмiн әзiрлеу, бекiту және жүргiзу;
10) фитосанитариялық іс-шараларды жүргізу қағидаларын әзірлеу және бекіту;
11) хаттамалар мен нұсқамалар нысандарын, сондай-ақ оларды Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес жасау мен шығару тәртiбiн әзірлеу және бекiту;
12) фитосанитариялық iс-шараларды ұйымдастыру;
13) мемлекеттiк органдардың, жеке және заңды тұлғалардың фитосанитариялық iс-шараларды жүргiзудегi қызметiн үйлестiру;
14) Қазақстан Республикасының заңнамасында белгiленген тәртiппен пестицидтердi, оларды сақтау, тасымалдау, қолдану жөнiндегi жұмыстар мен көрсетiлетiн қызметтердi мемлекеттiк сатып алуды ұйымдастыру мен өткiзу, сондай-ақ пестицидтердiң қорын жасау;
15) фитосанитариялық нормативтерді, фитосанитариялық есепке алу нысандарын, сондай-ақ оларды ұсыну тәртібін әзірлеу және бекiту;
16) зиянды және аса қауiптi зиянды организмдер бойынша фитосанитариялық мониторинг ұйымдастыру;
17) пестицидтерді тіркеу (ұсақмөлдекті және өндірістік) сынақтарын және мемлекеттік тіркеуді ұйымдастыру;
18) өсiмдiктердi қорғау саласындағы қолданбалы ғылыми зерттеулерге тапсырыс берудi ұйымдастыру мен үйлестiру, жүзеге асыру;
19) бюджет қаражаты есебiнен сатып алынған пестицидтердi фитосанитариялық мониторинг деректерiне және қалыптасатын фитосанитариялық ахуалға қарай Қазақстан Республикасының аумағы бойынша бөлу;
20) халықаралық ұйымдармен және мемлекеттiк органдармен ынтымақтастықты жүзеге асыру және өсiмдiктердi қорғау саласындағы халықаралық бағдарламаларды iске асыруға қатысу;
21) пестицидтердің түрлері бойынша қор нормативін және оны пайдалану тәртібін белгілеу;
22) мемлекеттік фитосанитариялық бақылауды ұйымдастыру және жүзеге асыру;
22-1) құзыреті шегінде стандарттау жөніндегі құжаттардың жобаларын қарау, сондай-ақ стандарттау саласындағы уәкілетті органға енгізу үшін ұлттық, мемлекетаралық стандарттарды, ұлттық техникалық-экономикалық ақпарат сыныптауыштарын және стандарттау жөніндегі ұсынымдарды әзірлеу, өзгерістер енгізу, қайта қарау және күшін жою жөнінде ұсыныстар дайындау;
23) жергілікті атқарушы органдардың Қазақстан Республикасының өсімдіктерді қорғау туралы заңнамасын сақтауына бақылауды жүзеге асыру;
24) қоршаған ортаны қорғау саласындағы уәкілетті органмен және халықтың санитариялық-эпидемиологиялық саламаттылығы саласындағы мемлекеттік органмен келісу бойынша пестицидтерді залалсыздандыру тәртібін, сондай-ақ арнаулы сақтау орындарын (көмінділерді) тиісті жағдайда күтіп-ұстау шаттарын айқындау;
25) фитосанитариялық іс-шараларды жүзеге асырудың тәртібін, тәсілдерін регламенттейтін әдістерді, әдістемелерді, ұсынымдарды бекіту, өсімдіктерді қорғау саласында қолданбалы ғылыми зерттеулер жүргізуді ұйымдастыру, үйлестіру және бақылау, сондай-ақ өсімдіктерді қорғау бойынша мамандар даярлау және олардың біліктілігін арттыру жөніндегі оқыту бағдарламаларын (оқу бағдарламаларын) келісу;
26) алып тасталды - ҚР 29.12.2014 № 269-V (01.01.2015 бастап қолданысқа енгізіледі) Заңымен;
27) Қазақстан Республикасының заңнамасында көзделген өзге де өкілеттіктерді жүзеге асыру жатады.