ШЫҰ аясындағы ынтымақтастықтың негiзгi бағыттары мыналар болып табылады: аймақта бейбiтшiлiктi сақтау және қауiпсiздiк пен сенiм бiлдiрудi нығайту; ортақ мүдде саналатын сыртқы саяси мәселелер бойынша, соның iшiнде халықаралық ұйымдарда және халықаралық форумдарда ортақ көзқарас iздестiру; терроризмге, сепаратизм мен экстремизмге, есiрткiлердiң және қару-жарақтың заңсыз айналымына, трансұлттық қылмыстық әрекеттердiң өзге де түрлерiне, сондай-ақ, заңсыз көшi-қонға бiрлесiп қарсы тұру жөнiндегi iс-шараларды талдап жасау және iске асыру; қарусыздану және қару-жараққа бақылау жасау мәселелерi бойынша күш-жiгердi үйлестiру; түрлi нысандағы аймақтық экономикалық ынтымақтастықты қолдау және ынталандыру, тауарлардың, капиталдардың, қызметтер мен технологиялардың еркiн қозғалысын бiртіндеп жүзеге асыру мақсатында сауда мен инвестициялар үшiн қолайлы жағдай туғызуға жәрдемдесу; көлiк және коммуникациялар саласында бар инфрақұрылымды тиiмдi пайдалану, мүше мемлекеттердiң транзиттiк әлеуетiн жетiлдiру, энергетика жүйелерiн дамыту; аймақта су ресурстарын пайдалануды қоса алғанда табиғатты ұтымды пайдалануды қамтамасыз ету, бiрлескен арнаулы табиғат қорғау бағдарламалары мен жобаларын жүзеге асыру; табиғи және техногендiк сипаттағы төтенше жағдайлардың алдын алуда және олардың салдарын жоюда өзара көмек көрсету; ШЫҰ аясындағы ынтымақтастықты дамыту мүддесi жолында құқықтық ақпарат алмасу; ғылым мен техника, бiлiм беру, денсаулық сақтау, мәдениет, спорт және туризм саласындағы өзара ықпалдастықты кеңейту; ШЫҰ-ға мүше мемлекеттер өзара келiсiм бойынша ынтымақтасу салаларын кеңейте алады.