Ихтиологиялық байқаулардың негізгі бағыттары: балық шаруашылығы су айдындарының жай-күйін бақылау; бақылау үшін аулауды жүргізу; ихтиофаунаның жай-күйі туралы биологиялық материалдарды жинау; өріс аудару жолдарын, уылдырық шашу мерзімдерін және су айдындарына кәсіпшілік жүктемені зерделеу; балық құртшабақтарының кездейсоқ ауланымын, уылдырық шашатын орындарды және қыстау шұңқырларын айқындау; гидрометеорологиялық жағдайларға қарай уылдырық шашу кезеңіндегі тыйым салу мерзімдерін ауыстыруды қоса алғанда, балық аулау режимін реттеу бойынша, балық аулау құралдары бойынша, балық өсіру-мелиорациялық жұмыстарды және су объектілерінің балық шаруашылығы мелиорациясын ұйымдастыру бойынша ұсыныстар тұжырымдау; балықтың қырылу қаупі бар су айдындарын есепке алу және балықтардың қырылуының профилактикасы және оны жою жөніндегі іс-шараларды ұйымдастыру; су тарту, ағызу құрылыстарын қарап-тексеру және балықтарды қорғау құрылғылары болмаған кезде балық ресурстары мен басқа да су жануарларына келтірілетін және келтірілген зиянды айқындау болып табылады.