Қазақстан Республикасының Қорғаныс министрі, Ішкі істер министрі, Ұлттық қауіпсіздік комитетінің Төрағасы əскери полиция органдарының қызметіне басшылықты жүзеге асырады, ұйымдастырушылық-штаттық іс-шараларды жүргізу туралы шешімдер қабылдайды, құрылымы мен штат санын бекітеді, сондай-ақ Қазақстан Республикасының заңнамасына сəйкес заңға тəуелді нормативтік құқықтық актілерді қабылдайды.