1) Қазақстан Республикасының Қарулы Күштерiнде, басқа да әскерлерi мен әскери құралымдарында құқық тәртiбiн қамтамасыз ету;
2) Қазақстан Республикасының заңдарында белгiленген құзыреттер шегінде қылмыстар мен құқық бұзушылықтардың профилактикасы, олардың алдын алу, анықтау, жолын кесу және ашу;
2-1) Қазақстан Республикасының заңдарында белгіленген құзырет шегінде сыбайлас жемқорлықтың алдын алу және әкімшілік сыбайлас жемқорлық құқық бұзушылықтарды анықтау;
3) қылмыстар және құқық бұзушылықтар жасауға ықпал ететiн мән-жайларды анықтау;
4) Қазақстан Республикасының қылмыстық процестік заңнамасына сәйкес сотқа дейінгі тергеп-тексеру iсiн жүргiзу;
5) анықтау, тергеу органдарынан және соттан жасырынып жүрген, сондай-ақ әскери бөлiмдер орналасқан жердi өз бетiмен тастап кеткен әскери қызметшiлердi iздестiру;
6) Қазақстан Республикасының ұлттық қауіпсіздік органдары, Қарулы Күштері, басқа да әскерлері мен әскери құралымдары көлік құралдарының жол жүрісі қауіпсіздігін қамтамасыз ету;
7) заңнамада көзделген жағдайларда әскери қызметшiлердi гауптвахтаға жабу арқылы ұстауды орындау, сондай-ақ әкімшілік қамауға алу түріндегі әкімшілік жазаны орындау;
7-1) Қазақстан Республикасы Мемлекеттік күзет қызметінің Айрықша мақсаттағы күштерін қоспағанда, Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерінің, басқа да əскерлері мен əскери құралымдарының механикалық көлік құралдары мен олардың тіркемелерін тиісті құжаттар мен мемлекеттік тіркеу нөмірі белгілерін бере отырып, мемлекеттік тіркеуді жүзеге асыру;
7-2) әскери полиция органдарында тіркелген механикалық көлік құралдары мен олардың тіркемелерін міндетті техникалық қарап тексеруден өткізу;
7-3) Қазақстан Республикасының заңдарында белгіленген құзыреті шегінде əкімшілік құқық бұзушылық туралы істер бойынша іс жүргізу;
8) өздеріне осы Заңмен, Қазақстан Республикасының өзге де заңдарымен, Қазақстан Республикасы Президентінің және Қазақстан Республикасы Үкіметінің актілерімен жүктелген өзге де міндеттерді жүзеге асыру болып табылады.
13) Бұдан басқа, Ұлттық қауіпсіздік комитеті әскери полиция органдарының міндеттері:
1) арнаулы мемлекеттік органдардың әскери қызметшілері мен қызметкерлері жасаған қылмыстық құқық бұзушылықтар туралы істер бойынша Қазақстан Республикасының қылмыстық-процестік заңнамасына сәйкес сотқа дейінгі тергеп-тексеру ісін жүргізу;
2) әкімшілік құқық бұзушылық туралы істер бойынша (арнаулы мемлекеттік органдардың көлік құралдарын жүргізетін адамдар жасаған жол жүру қағидаларын бұзу бөлігінде) іс жүргізу;
3) Қазақстан Республикасы Ұлттық қауіпсіздік комитетінің Төрағасы айқындайтын тəртіппен жəне шектерде Қазақстан Республикасы ұлттық қауіпсіздік органдарының объектілерін, оның ішінде қару-жарақты, арнайы құралдарды, қауіпсіздік жүйелерін жəне өзге де техникалық құралдарды пайдалана отырып күзету, сондай-ақ көрсетілген объектілерде рұқсаттамалық жəне объектішілік режимдерді қамтамасыз ету;
4) Қазақстан Республикасы ұлттық қауіпсіздік органдарының әкімшілік құқық бұзушылықтар туралы істер бойынша іс жүргізу саласындағы қызметін Қазақстан Республикасы Ұлттық қауіпсіздік комитетінің Төрағасы айқындайтын тәртіппен және шектерде үйлестіру болып табылады.
18) Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерінің əскери бөлімдеріндегі тəуліктік наряд қызметін, ішкі жəне гарнизондық қызметтерді ұйымдастыруға ішкі бақылауды жүзеге асыру да Қазақстан Республикасы Қарулы Күштерінің əскери полиция органдарының міндеті болып табылады.