Ерекше қорғалатын табиғи аумақтар саласындағы негiзгi принциптер:
1) биологиялық саналуандықты, бiрегей және типтiк ландшафтарды сақтау мен қалпына келтiрудi қамтамасыз ететiн экологиялық желiнiң базалық құрамдас бөлiгi ретiнде ерекше қорғалатын табиғи аумақтар жүйесiн дамыту;
2) ерекше қорғалатын табиғи аумақтар саласындағы мемлекеттiк реттеу, бақылау мен қадағалау;
6) ерекше қорғалатын табиғи аумақтар саласындағы Қазақстан Республикасының заңнамасын бұзғаны үшiн жауаптылық;
7) жеке және заңды тұлғалардың ерекше қорғалатын табиғи аумақтар саласындағы мiндеттердi шешуге қатысуы;
8) ерекше қорғалатын табиғи аумақтар саласындағы ақпараттың қолжетiмдiлiгi;
9) ерекше қорғалатын табиғи аумақтар саласындағы халықаралық ынтымақтастық;
10) үйлестіру кеңестерінің ерекше қорғалатын табиғи аумақтар саласындағы міндеттерді шешуге қатысуы болып табылады.