Қарауында ерекше қорғалатын табиғи аумақтар бар мемлекеттік органдар өз құзыреті шегінде:
1) мемлекеттік табиғи-қорық қоры объектілерінің тізбесі, ерекше қорғалатын табиғи аумақтардың жүйесі мен экологиялық желілерді дамыту жөніндегі ұсыныстарды дайындайды және уәкілетті органға ұсынады;
2) ерекше қорғалатын табиғи аумақтар құру және өздерiнiң қарауындағы осындай аумақтарды кеңейту жөнiндегi жаратылыстану-ғылыми және техникалық-экономикалық негiздемелердiң жобаларын мемлекеттiк экологиялық сараптама жүргiзуді қамтамасыз етiп және осы негiздемелердi кейiннен уәкiлеттi органның бекiтуiне енгiзе отырып әзiрлеудi Қазақстан Республикасының заңнамасында белгiленген тәртiппен ұйымдастырады;
3) уәкілетті органмен келісу бойынша өздерінің қарауындағы ерекше қорғалатын табиғи аумақтардың паспорттарын әзірлейді және бекітеді, паспорттарды уәкілетті органда тіркеуді (қайта тіркеуді) жүзеге асырады;
4) уәкілетті органмен келісу бойынша өздерінің қарауындағы ерекше қорғалатын табиғи аумақтарды басқару жоспарларын әзірлеуді ұйымдастырады және бекітеді;
5) өздерінің қарауындағы ерекше қорғалатын табиғи аумақтарға басшылықты жүзеге асырады, оларды сақтауды, қорғауды және қалпына келтіруді, сондай-ақ ғылыми зерттеулер жүргізуді қамтамасыз етеді;
6) ерекше қорғалатын табиғи аумақтардың мемлекеттік кадастрын жүргізуге қатысады;
7) уәкілетті органға ғылыми табиғи объектілерге "Ғылыми табиғи объект – ұлттық игілік" мәртебесін беру туралы ұсыныстар енгізеді;
8) "Ақпаратқа қол жеткізу туралы" Қазақстан Республикасының Заңына сәйкес өздерінің қарауындағы ерекше қорғалатын табиғи аумақтар және мемлекеттік табиғи-қорық қоры объектілері саласындағы ашық ақпаратқа еркін қол жеткізуді қамтамасыз етеді;
9) Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес өздерінің қарауындағы республикалық маңызы бар ерекше қорғалатын табиғи аумақтарда табиғат қорғау мекемелері көрсететін қызметтер үшін тарифтердің мөлшерін бекітеді;
10) Қазақстан Республикасының заңдарында, Қазақстан Республикасы Президентінің және Қазақстан Республикасы Үкіметінің актілерінде көзделген өзге де өкілеттіктерді жүзеге асырады.