ОАӨ ЖӨҰК басшылығы үшін өзара қызметтік байланыстағы басқару органдарының, басқару пункттерінің (оның ішінде, ОАӨ мемлекеттері бөлген стационарлық және жылжымалы), сондай-ақ арнайы жүйелерінің жиынтығын білдіретін басқару жүйесі құрылады. ОАӨ ЖӨҰК басқару органдарына мыналар жатады: Қолбасшылық, ОАӨ ЖӨҰК Штабы және ОАӨ ЖӨҰК құрамына кіретін құрамалардың, әскери бөлімдер мен бөлімшелердің басқару органдары. ОАӨ ЖӨҰК басқару жүйесінің барлық элементтері Қорғаныс министрлері кеңесі бекітетін жоспарларға сәйкес алдын ала құрылады, жинақталады, қажетті құралдармен және жабдықтармен жарақталады. Күнделікті қызметте басқару жүйесінің басқа элементтері оларға ОАӨ мемлекеттері қарулы күштерінің бас штабтарымен (басты штабтармен, Штабтар бастықтары комитетімен) және Біріккен штабпен қажетті қызметтік байланыс жасауды, сондай-ақ басқару жүйесінің өзін уақытында өрістетуді қамтамасыз ететін қысқартылған құрамда қызмет етеді. ОАӨ ЖӨҰК мүддесіндегі бұйрықтарды (өкімдерді, сигналдарды, пәрмендерді) жеткізу үшін ОАӨ мемлекеттері қарулы күштерін басқарудың қолданыстағы жүйелері пайдаланылады. ОАӨ ЖӨҰК-де құжаттарды ресімдеудің және басқарудың жұмыс тілі орыс тілі болып табылады. Біріккен штаб ОАӨ мемлекеттері қарулы күштері бас штабтарымен (басты штабтармен, Штабтар бастықтары комитетімен) өзара іс-қимыл жасағанда мыналарды ұйымдастырады: жауынгерлік басқару құжаттарын әзірлеуді, оларды сақтау және жұмыс істеу тәртібін айқындауды; жедел кезекшілердің арнайы міндеттерді орындауға дайындық қызметін қолдау жөніндегі іс-шараларды; жауынгерлік басқару бұйрықтарын (сигналдарды, өкімдерді) уақтылы және сенімді түрде қабылдауды; ОАӨ ЖӨҰК командалық пункттерді орналастыру және оның жауынгерлік басқару бұйрықтарын (сигналдарын) қабылдауға даяр болуын қамтамасыз ету; Ұжымдық қауіпсіздік кеңесінің ОАӨ ЖӨҰК-ні жедел өрістету мен қолдануға шешім қабылдағаннан кейін байланысты олар басқару жүйесінің барлық элементтерін толық штатқа дейін іріктейді және белгіленген аудандарда өрістетеді, олардың міндеттерді орындауға әзірлігін қамтамасыз ететін қажетті іс-шаралар өткізеді.