Сұрау салушы Тарап терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларды дайындау және өткізу үшін (бұдан әрі - басқару органы) басқару органын құрады. Басқару органының басшысын сұрау салушы Тарап тағайындайды және ол өзін тағайындаған адамға бағынады. Терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларға қатысушылар басқару органының басшысына бағынады. Басқару органының құрылымын, терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларға қатысушылардың мақсаттары мен міндеттерін басқару органының басшысы айқындайды. Басқару органының құрамына терроризмге қарсы бірлескен іс-шараны өткізуге қатысатын терроризмге қарсы арнайы құралымдардың басшылары, Тараптардың құзыретті органдарының және ШЫҰ ӨТҚҚ-ның Атқару комитетінің өкілдері енеді. Басқару органында іс орыс және қытай тілдерінде, ал Қытай Тарабы терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларды өткізуге қатыспаған жағдайда орыс тілінде жүргізіледі. Басқару органының негізгі міндеттері: жағдай туралы мәліметтер жинау, келіп түскен ақпаратты қорыту, бағалау және талдау, оны терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларға қатысушыларға және сұрау салушы Тараптың аталған іс-шараны өткізуге тартылатын басқа құрылымдарына жеткізу; басқару органы басшысының шешімін қабылдау үшін ұсыныстар дайындау; терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларды өткізу жоспарын әзірлеу және іске асыру; терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларға қатысушылар арасында байланыс және өзара іс-қимылды ұйымдастыру; терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларды өткізуге басшылық жасау және ықтимал келеңсіз салдарларды болдырмау жөнінде шаралар қолдану; қажет болған кезде терроризмге қарсы бірлескен іс-шараны өткізу объектілері болып табылатын адамдармен келіссөздер жүргізу тактикасын жасау және оларды өткізуді ұйымдастыру; сұрау салушы Тараптың мемлекеттік билік және басқару органдарымен өзара іс-қимылды жүзеге асыру; терроризмге қарсы бірлескен іс-шараларды өткізу аймағында жедел іздестіру іс-шараларын және тергеу амалдарын жүзеге асыруды қамтамасыз ету; терроризмге қарсы бірлескен іс-шаралардың қорытындыларын шығаруды ұйымдастыру болып табылады.