Ғылым және жоғары білім саласындағы уәкілетті орган мынадай өкілеттіктерді орындайды:
1) азаматтардың білім беру саласындағы конституциялық құқықтары мен бостандықтарын сақтауды қамтамасыз етеді;
2) жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру саласындағы бірыңғай мемлекеттік саясатты қалыпастырады және іске асырады, салааралық үйлестіруді жүзеге асырады, жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру және ғылым саласындағы халықаралық бағдарламаларды әзірлейді және іске асырады;
3) жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру саласындағы білім беруді дамытудың жай-күйі туралы жыл сайынғы ұлттық баяндама дайындау және жариялау арқылы қоғам мен мемлекетті білім беру жүйесінің жай-күйі және оның қызметінің тиімділігі туралы объективті ақпаратпен қамтамасыз етеді;
4) білім беруді басқару жүйесіне білім беру мониторингін және ақпараттық қамтамасыз етуді жүзеге асырады, білім беру саласындағы ақпараттандыру объектілерін ұйымдастыру және олардың жұмыс істеу қағидаларын бекітеді;
5) білім беру бағдарламалары бойынша жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру ұйымдарына білім алушыларды қабылдау қорытындылары бойынша мониторинг жүргізу қағидаларын бекітеді;
6) заңды тұлғаларға мыналарды;
7) кадрларды даярлау бағыттары және оқыту нысандары бойынша жоғары білім беру;
8) кадрларды даярлау бағыттары және оқыту нысандары бойынша жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру;
9) рухани білім беру үшін білім беру қызметімен айналысуға лицензия және (немесе) лицензияға қосымша береді;
7) білім беру мониторингін жүзеге асыру тәртібін белгілейді;
8) Сот төрелігі академиясын қоспағанда, меншік нысанына және ведомстволық бағыныстылығына қарамастан, әскери, арнаулы оқу орындарында жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білімнің білім беру бағдарламаларын іске асыратын жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру ұйымдарын мемлекеттік аттестаттауды жүргізеді;
9) жоғары және жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру бағдарламаларын іске асыратын білім беру ұйымдарына оқуға қабылдаудың үлгілік қағидаларын бекітеді;
10) жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру ұйымдары қызметінің үлгілік қағидаларын бекітеді;
11) мүдделі орталық атқарушы органдармен, жұмыс берушілермен және басқа да әлеуметтік әріптестермен өзара іс-қимыл жасай отырып, кадрлар даярлау бағыттарының сыныптауышын бекітеді;
12) жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру ұйымдарынан шығатын ресми құжаттарға апостиль қою рәсімін жүзеге асырады;
13) оқу-әдістемелік және ғылыми-әдістемелік жұмысқа басшылықты жүзеге асырады және оны жүргізуді үйлестіреді, мәдениет саласындағы білім беру ұйымдарын қоспағанда, білім беру ұйымдарында оқу-әдістемелік және ғылыми-әдістемелік жұмысты ұйымдастыру және жүзеге асыру қағидаларын, оқытудың кредиттік технологиясы бойынша оқу процесін ұйымдастыру қағидаларын, сондай-ақ қашықтан оқытуды ұсыну бойынша білім беру ұйымдарына қойылатын талаптарды және жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білімнің білім беру бағдарламалары бойынша қашықтан оқыту бойынша оқу процесін ұйымдастыру және жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білімнің білім беру бағдарламалары бойынша онлайн-оқыту нысанында оқу процесін ұйымдастыру қағидаларын бекітеді;
14) Қазақстан Республикасының заңдарында көзделген жағдайларды қоспағанда, ведомстволық бағынысты білім беру ұйымдарының жарғыларын бекітеді;
15) жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру ұйымдарында меншік нысанына және ведомстволық бағыныстылығына қарамастан, Қазақстан Республикасының білім беру саласындағы заңнамасының және нормативтік құқықтық актілерінің, мемлекеттік жалпыға міндетті білім беру стандарттарының, сондай-ақ ведомстволық бағыныстағы ұйымдардағы бюджеттік және қаржылық тәртіптің Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес орындалуына мемлекеттік бақылауды жүзеге асырады;
17) шетелдік әріптестермен келіссөздер жүргізеді және өз құзыреті шегінде жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру, сондай-ақ ғылыми қызмет саласындағы халықаралық шарттарға (келісімдерге) және бағдарламаларға қол қояды;
17-1) Қазақстан Республикасындағы халықаралық және шетелдік оқу орындары және (немесе) олардың филиалдары қызметінің қағидаларын және олардың ынтымақтастығының нысандарын бекітеді;
18) студенттерді, магистранттар мен докторанттарды жатақханалардағы орындармен қамтамасыз етуге мемлекеттік тапсырысты орналастыру қағидаларын бекітеді;
19) Қазақстан Республикасының жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру саласындағы заңнамасының анықталған бұзушылықтарын нұсқамада белгіленген мерзімдерде жою туралы орындалуы міндетті жазбаша нұсқамаларды береді;
20) жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру саласындағы білім беру ұйымдары түрлерінің номенклатурасын бекітеді;
21) Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес сәйкестендіру нөмірлерінің ұлттық тізілімдерінде қамтылған мәліметтерді алады;
22) мүдделі мемлекеттік органдармен келісу бойынша дуальды оқытуды ұйымдастыру қағидаларын бекітеді;
23) жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру ұйымын дамыту бағдарламасының құрылымын және оны әзірлеу қағидаларын бекітеді;
24) стипендиялық бағдарламаларға қатысу үшін үміткерлерді іріктеу қағидаларын бекітеді;
25) жан басына шаққандағы нормативтік қаржыландыру іске асырылатын жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру ұйымдарының типтері мен түрлерінің тізбесін бекітеді;
26) "бакалавр" немесе "магистр" дәрежесін бере отырып, жоғары немесе жоғары оқу орнынан кейінгі білімге ақы төлеу үшін білім беру грантын беру қағидаларын бекітеді;
27) мемлекеттік атаулы стипендиялар тағайындайды;
28) маманды жұмысқа жіберу, бюджет қаражаты есебінен жұмсалған шығыстарды өтеу, өз бетінше жұмысқа орналасу құқығын беру, осы Заңның 47-бабының 17-тармағында көрсетілген мемлекеттік білім беру тапсырысы негізінде білім алған Қазақстан Республикасының азаматтарын жұмыспен өтеу жөніндегі міндетінен босату немесе олардың міндетін тоқтату тәртібін айқындайды;
29) шетелде кадрларды даярлаудың, қайта даярлаудың және олардың біліктілігін арттырудың халықаралық бағдарламалары бойынша, оның ішінде "Болашақ" халықаралық стипендиясы бойынша іс-шаралар кешенін жүзеге асыратын ұйымды (әкімшіні) айқындайды.
30) білім беру саласындағы уәкілетті органмен бірлесіп формалды емес білім беру арқылы алынған оқыту нәтижелерін, сондай-ақ кәсіптік біліктілігін тану нәтижелерін тану қағидаларын әзірлейді және бекітеді;
31) жоғары және (немесе) жоғары оқу орнынан кейінгі білім беру ұйымдарының педагогтеріне (профессор-оқытушылар құрамына) арналған кәсіптік стандартты әзірлейді және бекітеді;
32) Қазақстан Республикасының заңнамасына сәйкес білім беру ақысын төлеу мақсатында білім беру саласындағы уәкілетті органмен бірлесіп, бірыңғай жинақтаушы зейнетақы қорынан төленетін нысаналы жинақ төлемдерін пайдалану қағидаларын әзірлейді және бекітеді.
36) Ғылым және жоғары білім саласындағы уәкілетті органның осы баптың бірінші бөлігінің 4), 5), 7), 9), 10), 11), 13), 18), 20), 22), 23), 24) және 25) тармақшаларында көзделген өкілеттіктері әскери, арнаулы оқу орындарына және Сот төрелігі академиясына қолданылмайды.