Хатшылық мынадай функцияларды жүзеге асырады:
- 1) а) кеден одағын қалыптастыру және оның жұмыс істеуі жөніндегі мәселелер бойынша, оның ішінде халықаралық шарттарды жасасу мен өзгерту бойынша кеден одағының жоғары органы мен Комиссияның қарауы үшін материалдар, шешім жобалары мен ұсынымдар дайындау;
- 2) б) Тараптардың кеден одағының шарттық-құқықтық базасын құрайтын халықаралық шарттардың ережелерін сақтауын, кеден одағының жоғары органы мен Комиссия қабылдаған шешімдерді орындауын мониторингілеу;
- 3) в) Тараптардың әрқайсысының сыртқы экономикалық қызметті реттеу саласындағы заңнамасын мониторингілеу және талдау;
- 4) г) кеден одағын қалыптастыру және бірыңғай кеден аумағын құру үшін қажетті халықаралық шарттардың жобаларын және өзге де құжаттарды дайындау;
- 5) д) Тараптардың мемлекеттік билік органдарымен өзара іс-қимыл жасау;
- 6) е) Комиссияның шығыстар сметасының жобасын әзірлеу және оны орындау, оның атқарылуы туралы есептер жобаларын дайындау;
- 7) ж) кеден одағының шеңберінде жасалған халықаралық шарттардың депозитарийінің функцияларын Комиссияның орындауын қамтамасыз ету;
- 8) з) кеден одағының жоғары органы немесе Комиссия белгілеген және олардың жұмысын ұйымдастыруға және ақпараттық техникалық қамтамасыз етуге бағытталған өзге де функциялар.