Шекаралық ынтымақтастықты қаржыландыру Тараптардың тиісті мақсаттарға арналған ұлттық бюджеттерінің есебінен қалыптасатын қаражаттан жүзеге асырылады. Бірлескен мемлекетаралық бағдарламалар мен жобаларды орындау ТМД Үкіметтері басшылары кеңесінің 2004 жылғы 16 сәуірдегі шешімімен бекітілген Тәуелсіз Мемлекеттер Достастығының Мемлекетаралық мақсатты бағдарламаларын әзірлеу, іске асыру және қаржыландыру тәртібіне сәйкес жүзеге асырылады. Шекаралық ынтымақтастық жөніндегі бірлескен органдардың қызметін және олар іске асыратын жобаларды қаржыландыруды Тараптар Тараптардың ұлттық заңнамасына сәйкес жүзеге асырады.