Ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызметті басқару мынадай қағидаттарға негізделеді:
- 1) ұлттық экономиканың бәсекеге қабілеттілігін арттыру мақсатында ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызметтің басымдылығы;
- 2) мемлекеттік қолдауды алу кезінде ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет субъектілерінің ашықтығы, объективтілігі және теңдігі;
- 3) ғылыми, ғылыми-техникалық және инновациялық қызмет субъектілерін мемлекеттік қолдаудың экономикалық тиімділігі мен нәтижелілігі;
- 4) іргелі және қолданбалы ғылыми зерттеулердің басым бағыттарын дамыту;
- 5) ғылыми, ғылыми-техникалық жобалар мен бағдарламаларға сараптама жасаудың объективтілігі мен тәуелсіздігі;
- 6) ғылымның, білім беру мен өндірістің интеграциясы;
- 7) ғылымның және ғылыми-техникалық қызметтің басым бағыттары бойынша жоғары білікті кадрлар даярлау;
- 8) халықаралық ғылыми және ғылыми-техникалық ынтымақтастықты дамыту;
- 9) преференциялар беру арқылы экономиканың басым секторларында технологияларды коммерцияландыруды ынталандыру;
- 10) жеке кәсіпкерлік субъектілерінің ғылыми, ғылыми-техникалық және инновациялық қызметті дамытуға қатысуы үшін оларды көтермелеу және жағдайлар жасау;
- 11) білім алуды, оны технологияға трансформациялауды және оның экономикаға трансфертін ынталандыру.