Мыналар Жоғары ғылыми-техникалық комиссияның негізгі міндеттері болып табылады:
- 1) ғылыми, ғылыми-техникалық және инновациялық қызметті дамытуға бағытталған стратегиялық міндеттер мен басымдықтарды қалыптастыру;
- 2) ғылым бағыттары бойынша басым іргелі және қолданбалы ғылыми зерттеулерді айқындау;
- 3) ұлттық ғылыми кеңестердің ұсыныстарын қарау;
- 4) мемлекеттік қорғаныстық тапсырыс шеңберінде қалыптастырылатын ғылыми, ғылыми-техникалық жобалар мен бағдарламаларды қоспағанда, ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызметке мемлекеттік бюджеттен қаржыландыру көлемін айқындау және ғылымды дамытудың басым бағыттары бойынша бөлу, сондай-ақ ғылыми және (немесе) ғылыми-техникалық қызмет нәтижелерін коммерцияландыруды қаржыландыру көлемін айқындау.