Бағдарламалық-нысаналы қаржыландыру стратегиялық маңызды мемлекеттік міндеттерді, оның ішінде ұлттық ғылыми-техникалық міндеттерді шешу мақсатында стратегиялық ғылыми зерттеулер жүргізуге бөлінеді және конкурстық негізде жүзеге асырылады. Ұлттық қауіпсіздік және қорғаныс саласындағы, мемлекеттік құпияларды құрайтын мәліметтерді қамтитын қолданбалы ғылыми зерттеулерді жүргізуге арналған бағдарламалық-нысаналы қаржыландыру Қазақстан Республикасы Үкіметінің шешімі бойынша конкурстан тыс рәсімдер арқылы бөлінуі мүмкін.