Арнайы экономикалық аймақтың басқару органы Қазақстан Республикасының заңды тұлғаларды мемлекеттік тіркеу және филиалдар мен өкілдіктерді есептік тіркеу туралы заңнамасында белгіленген тәртіппен арнайы экономикалық аймақтың орналасқан жері бойынша тіркеледі.