Мемлекеттік мекеменің ұйымдық-құқықтық нысанында құрылған арнайы экономикалық аймақтың басқару органы арнайы экономикалық аймақтың әрекет ету мерзімі аяқталғаннан немесе мерзімінен бұрын тарату туралы шешім қабылданғаннан кейін Қазақстан Республикасының заңнамалық актілеріне сәйкес таратылады (қайта ұйымдастырылады).