1) өз құзыреті шегінде халықтың көші-қоны саласындағы мемлекеттік саясатты іске асырады;
2) көшіп келушілерге медициналық көмек көрсетудің тәртібін бекітеді;
3) шетелдіктерде және азаматтығы жоқ адамдарда болуы олардың Қазақстан Республикасына келуіне тыйым салатын аурулардың тізбесін бекітеді;
4) Қазақстан Республикасының заңнамасында белгіленген тәртіппен қандастарды бейімдеу және ықпалдастыру орталықтарында, уақытша орналастыру орталықтарында шектеу іс-шараларын, оның ішінде карантин енгізеді;
5) осы Заңда, Қазақстан Республикасының өзге де заңдарында, Қазақстан Республикасы Президентінің және Қазақстан Республикасы Үкіметінің актілерінде көзделген өзге де өкілеттіктерді жүзеге асырады.