Біріккен алқаны Біріккен алқа мүшелері сайлайтын, мүше мемлекеттердің орталық кеден органдарының басшылары арасынан төраға (бұдан әрі - төраға) басқарады. Төраға өкілдік ететін мүше мемлекетті қоспағанда, төрағаның саны мүше мемлекеттердің санына тең болатын, Біріккен алқа мүшелері сайлайтын орынбасарлары болады.