Комиссия Алқасы Кеден одағы мен Бірыңғай экономикалық кеңістік шеңберіндегі одан әрі интеграциялау саласындағы ұсыныстарды әзірлеуді жүзеге асыратын Комиссияның атқарушы органы болып табылады. Комиссия Алқасы біреуі Комиссия Алқасының Төрағасы болып табылатын Комиссия Алқасының 9 мүшесінен тұрады.