Комиссия қызметін қаржыландыру Кеден одағында кедендік әкелу баждар, өзге де баждар, салықтар және баламалы әсері бар алымдарды есепке алу және бөлу тәртібін белгілеу және қолдану туралы 2010 жылғы 20 мамырдағы келісімге сәйкес әр Тарап үшін кедендік әкелу баждары сомаларын бөлу нормативтеріне пропорционалды анықталатын, Тараптардың үлестік жарналар есебінен қалыптастырылатын кезекті күнтізбелік жылға арналған Комиссия бюджетінің негізінде жүзеге асырылады.