Хатшылық Пленарлық отырыс шешімдерін және Төрағаның тапсырмаларын іске асыру мақсатында тұрақты негізде әкімшілік-техникалық функцияларды орындайды. Хатшылықты Пленарлық отырыстың шешімімен тағайындалатын Атқарушы хатшы басқарады. Хатшылықты және оның қызметкерлерін қалыптастыру тәртібі, мақсаттары, функциялары, құқықтары мен міндеттері Пленарлық отырыс бекітетін Қылмыстық жолмен алынған кірістерді заңдастыруға және терроризмді қаржыландыруға қарсы іс-қимыл жөніндегі Еуразиялық топ Хатшылығы туралы ережеде реттеледі. Хатшылық ЕАТ-қа мүше мемлекеттер азаматтарының қатарынан қалыптастырылады. Қызметтік міндеттерін атқару кезінде Атқарушы хатшы және Хатшылықтың персоналы қандай да бір Тараптан нұсқау сұратпауы немесе алмауы тиіс. Хатшылық қызметкерлерінің іс-әрекеттері ЕАТ-қа мүше мемлекеттердің заңнамасына қайшы келмеуі тиіс. Тараптар Атқарушы хатшының және Хатшылық персоналының халықаралық сипаттағы міндеттерін құрметтеуге және қызметтік міндеттерін атқару кезінде оларға ықпал етуге әрекет жасамауға міндеттенеді. Хатшылықтың орналасқан жері Ресей Федерациясы, Мәскеу қаласы болып табылады. Хатшылықтың Ресей Федерациясының аумағында болу талаптары тиісті халықаралық шарт негізінде реттеледі.