Бас хатшының мынадай міндеттері бар: a. Оның пікірінше Ұйымның мақсаттарына септігін тигізуі немесе залал келтіруі мүмкін мәселелерді Ұйымның құзыретті органдарының назарына жеткізу; b. Ислам саммиттері, Сыртқы істер министрлері кеңесі және басқа да министрлік отырыстары шешімдерінің, қарарлары мен ұсынымдарының орындалуын қадағалау; c. Ислам саммиттері мен Сыртқы істер министрлері кеңесінің шешімдерін, қарарлары мен ұсынымдарын орындау мақсатында мүше мемлекеттерді жұмыс бабындағы құжаттармен және меморандумдармен қамтамасыз ету; d. Ұйымның тиісті органдарының жұмысын үйлестіру мен келісу; e. Бас хатшылықтың жұмыс бағдарламасы мен бюджетін дайындау; f. Мүше мемлекеттер арасындағы байланыстарды дамыту, консультациялар өткізу мен пікір алмасуға, сондай-ақ мүше мемлекеттер үшін маңызды бола алатын ақпаратты таратуға жәрдемдесу; g. Ислам саммиті немесе Сыртқы істер министрлері кеңесі оған жүктеген басқа да функцияларды атқару; h. Ұйымның жұмысы туралы Сыртқы істер министрлері кеңесіне жыл сайын есептер ұсыну.